Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, ιδρύθηκε το Δεκέμβριο του 1980 στα πλαίσια της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης. Περιλαμβάνει πέντε Τμήματα: Ζωολογικό, Βοτανικό, Ανθρωπολογικό, Παλαιοντολογικό – Γεωλογικό και Ορυκτολογικό.

Λειτουργώντας στο πλαίσιο της ευρύτερης λειτουργίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης καλύπτει όλες τις δραστηριότητες ενός πλήρους και σύγχρονου μουσείου:

• Διατηρεί και αναπτύσσει συλλογές σχετικές με το περιβάλλον.

• Πραγματοποιεί έρευνες για το φυσικό κόσμο της Κρήτης, της Ελλάδας και της Ανατολικής Μεσογείου με απώτερο σκοπό τη μελέτη και προστασία αυτού.

• Προωθεί τη μοναδική φύση των περιβαλλοντικών χαρακτηριστικών της Κρήτης και της ευρύτερης περιοχής της Ανατολικής Μεσογείου.

• Συνεισφέρει στην περιβαλλοντική εκπαίδευση υλοποιώντας δεκάδες προγράμματα σε διάφορες ομάδες (μαθητές, ειδικές ομάδες και στο ευρύ κοινό) ενώ συμμετέχει και σε αντίστοιχα ερευνητικά εκπαιδευτικά προγράμματα.

Η εντυπωσιακή ανάπτυξη του μουσείου κατά την τελευταία δεκαετία αντικατοπτρίζει την ικανότητα και τον επαγγελματισμό του προσωπικού που διαθέτει, καθώς και τη μεγάλη ανάγκη της κοινωνίας για τη σωστή ενημέρωση σχετικά με το περιβάλλον. Από το 1985 καταβάλλονται μεγάλες προσπάθειες αρχικά για τη δημιουργία και στη συνέχεια για τον εμπλουτισμό και την ταξινόμηση των συλλογών του Μουσείου. Σήμερα οι συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνουν δείγματα από την Ελλάδα και τη Μεσόγειο. Ένα μεγάλο τμήμα τους προέρχεται από δωρεές των προσωπικών συλλογών των ερευνητών του Μουσείου. Σήμερα οι επιστημονικές συλλογές αριθμούν περισσότερο από 2.000.000 δείγματα. Κάποιες μάλιστα από αυτές αποτελούν τις σημαντικότερες για την Ελλάδα και την Ανατολική Μεσόγειο παγκοσμίως. Το Μουσείο έχει αναπτύξει δεκάδες συνεργασίες με επιστήμονες στην Ελλάδα και το εξωτερικό, έχει την πιο πλήρη ομάδα ειδικών σε θέματα βιολογικής και γεωλογικής ποικιλότητας στην Ελλάδα και είναι το μοναδικό εκπαιδευτικό - ερευνητικό ίδρυμα στο χώρο του, το οποίο εκτός από τις δεκάδες επιστημονικές αποστολές εντός Ελλάδας και αρκετές στην Κύπρο, έχει οργανώσει 9 πολυμελείς επιστημονικές αποστολές στο εξωτερικό με έμφαση στη Β. Αφρική και τη Μέση Ανατολή.

Εκτός από τις συλλογές και τα πλήρως εξοπλισμένα εργαστήρια, σημαντικό επίτευγμα του Μουσείου υπήρξε και η δημιουργία εκθεσιακού χώρου 5.500m2 όπου οι επισκέπτες έχουν την ευκαιρία να έρθουν σε επαφή με τις συλλογές του Μουσείου και να ενημερωθούν για το φυσικό περιβάλλον. Οι εκθέσεις είναι: Τα Μεγαδιοράματα, το Πωλητήριο, ο «Εγκέλαδος», η Αίθουσα Σεισμών και Ηφαιστείων, ο «Ερευνότοπος- Σταύρος Νιάρχος», το «Ζωντανό Μουσείο», η «Αίθουσα NATURA 2000» και η Έκθεση «Κρήτη, μια ήπειρος σ΄ένα νησί».