Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1953 από την Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Για την στέγαση του Μουσείου παραχωρήθηκε από τα Ιδρύματα Α. & Μ. Καλοκαιρινού το νεοκλασικό διατηρητέο οίκημα Οίκος Ανδρέου και Μαρίας Καλοκαιρινού. Στόχος της ΕΚΙΜ, η οποία ίδρυσε και λειτουργεί το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ήταν και είναι η διαφύλαξη και προβολή της πολιτιστικής κληρονομιάς της Κρήτης από τους πρώτους βυζαντινούς χρόνους ως τη σύγχρονη εποχή. Ο στόχος αυτός επιτεύχθηκε σταδιακά, με περισυλλογές, αγορές και δωρεές αντικειμένων, καθώς και με την παρακαταθήκη αντικειμένων από το Υπουργείο Πολιτισμού.

Το Ιστορικό Μουσείο διαπνεόταν εξαρχής από ένα πνεύμα πρωτοπορίας. Οι διαδοχικές επεκτάσεις του Μουσείου και οι πρόσφατες επανεκθέσεις με σύγχρονες μουσειολογικές αντιλήψεις και ηλεκτρονικές εφαρμογές συνέτειναν στην δημιουργία ενός ζωντανού Μουσείου, φιλικού για τον επισκέπτη, με τα σύγχρονα δεδομένα. Σήμερα το ΙΜΚ προσφέρει μια σύνθετη εικόνα της Ιστορίας και της Τέχνης της Κρήτης από τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους ως τον 20ο αιώνα. Οι περιοδικές εκθέσεις κινούνται σε ένα ευρύ φάσμα, από την Βυζαντινή ως τη σύγχρονη τέχνη, την ανάδειξη κορυφαίων λογοτεχνικών μορφών της Ελλάδας (Ελύτης, Καζαντζάκης), την παρουσίαση μεγάλων ιστορικών γεγονότων από το τέλος του 19ου αιώνα μέχρι και τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Αντίστοιχα, τα διαρκώς εμπλουτιζόμενα εκπαιδευτικά προγράμματα, που προσφέρονται δωρεάν, αποτελούν δημιουργική πηγή μάθησης σε σχέση με τις Μόνιμες Συλλογές και τις Περιοδικές Εκθέσεις του Μουσείου. Διαλέξεις, επιστημονικά συμπόσια, προβολές ταινιών και παρουσιάσεις βιβλίων που γίνονται στο Αμφιθέατρο του ΙΜΚ συμπληρώνουν την λειτουργία του, καθιστώντας το έναν εξωστρεφή, πολύπλευρο, πολιτιστικό οργανισμό.

Η Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών (ΕΚΙΜ) ιδρύθηκε την 7η Οκτωβρίου 1951 με σκοπό την «υποστήριξη και προαγωγή των κρητολογικών, αρχαιολογικών, ιστορικών, εθνογραφικών, φιλολογικών σπουδών από τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους και εντεύθεν».

Στις συλλογές του Ι.Μ.Κ. περιλαμβάνονται:

Μεσαιωνική & Αναγεννησιακή συλλογή

Συλλογή Αγώνων για την Ελευθερία

Λαογραφική Συλλογή

Η αίθουσα Νίκου Καζαντζάκη

Η αίθουσα Εμμανουήλ Τσουδερού

Μόνιμες εκθέσεις:

Αίθουσα Α.Γ. Καλοκαιρινού

Εισαγωγή στην ιστορία των χριστιανικών χρόνων της Κρήτης

Περιήγηση στον Χάνδακα (Ηράκλειο) του 17ου αιώνα

Η Αίθουσα των Κεραμικών

Ο σκοπός αυτός πραγματοποιείται μέσω των ακόλουθων δράσεων:

α) Ίδρυση και λειτουργία του Ιστορικού Μουσείου Κρήτης στο Ηράκλειο και του παραρτήματός του Αγροτικού Μουσείου Μενελάου Παρλαμά και Συλλογής Υφαντών Θεανώς Μεταξά-Κανακάκη στο Πισκοπιανό Χερσονήσου.

β) Οργάνωση περιοδικών εκθέσεων, συνεδρίων και εκδηλώσεων.

γ) Εκδόσεις κρητολογικού περιεχομένου.

δ) Διοργάνωση εκπαιδευτικών προγραμμάτων και δράσεων.

Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης (ΙΜΚ) ιδρύθηκε με αποστολή την καταγραφή, συντήρηση, τεκμηρίωση και προβολή των πάσης φύσεως τεκμηρίων της Κρητικής ιστορίας (αντικείμενα, αρχειακό υλικό κ.ά.). Στις δραστηριότητες του ΙΜΚ περιλαμβάνονται ο σχεδιασμός και η υλοποίηση μόνιμων και περιοδικών εκθέσεων, καθώς και εκπαιδευτικών προγραμμάτων, η διοργάνωση εκδηλώσεων επιστημονικού-πολιτιστικού χαρακτήρα (διαλέξεις, κινηματογραφικές προβολές), η περισυλλογή, καταγραφή και ψηφιοποίηση αρχειακού υλικού.

Παράλληλα, η ΕΚΙΜ δραστηριοποιείται από την ίδρυσή της έως σήμερα έχοντας παραγάγει πολυσχιδές έργο προς όφελος μνημείων (ενδεικτικά αναφέρεται η αναστύλωση της Βασιλικής του Αγίου Μάρκου στο Ηράκλειο που έγινε με δαπάνη της Εταιρίας), αλλά και προς όφελος της επιστημονικής έρευνας, όπως για παράδειγμα η καταγραφή των άγνωστων ναΐσκων της Κρήτης και η κατάρτιση Τοπωνυμικού Αρχείου Κρήτης, που περιλαμβάνει 20.000 περίπου τοπωνύμια από ολόκληρο το νησί.

Αλλά και στον τομέα της ανάδειξης της επιστημονικής έρευνας η ΕΚΙΜ έχει να παρουσιάσει αξιόλογο έργο τόσο με εκδόσεις, όσο και με διοργανώσεις ημερίδων και συνεδρίων, όπως τα Διεθνή Κρητολογικά Συνέδρια, που αποτελούν θεσμό παγκόσμιας αναγνώρισης.