Η Φαιστός είναι κτισμένη πάνω σε χαμηλό λόφο (υψόμετρο 100 μ. περίπου από την επιφάνεια της θάλασσας), στα νότια του ποταμού Γεροπόταμου, του αρχαίου Ληθαίου, και δεσπόζει στην εύφορη κοιλάδα της Κάτω Μεσαράς, που περιτριγυρίζεται από επιβλητικά βουνά (Ψηλορείτης, Αστερούσια, Λασιθιώτικα Βουνά).
Στα νότια εκτείνεται το Λιβυκό πέλαγος. Ο Ληθαίος περιβάλλει το λόφο της Φαιστού από ανατολικά και βόρεια, αποτέλεσε την πηγή ύδρευσης της πόλης. Το ήπιο και ζεστό κλίμα της περιοχής έκανε άνετη και ευχάριστη τη ζωή των κατοίκων της. Η Φαιστός αποτελούσε ένα από τα σημαντικότερα κέντρα του μινωικού πολιτισμού και τη σπουδαιότερη σε πλούτο και δύναμη πόλη της νότιας Κρήτης. Αναφέρεται στα κείμενα αρχαίων συγγραφέων (Διόδωρος, Στράβωνας, Παυσανίας) ενώ μνημονεύεται και από τον Όμηρο. Ανήκει στις τρεις σημαντικές πόλεις που ίδρυσε στην Κρήτη ο Μίνωας. Κατά τη μυθολογία στη Φαιστό βασίλεψε η δυναστεία του Ραδάμανθυ, γιου του Δία και αδελφού του Μίνωα. Ο Όμηρος αναφέρει τη συμμετοχή της στον Τρωικό πόλεμο και τη χαρακτηρίζει πόλη ''καλά κατοικημένη''. Η περίοδος ακμής της Φαιστού ξεκινά με την είσοδο της Κρήτης στην Εποχή του Χαλκού στα μέσα της 3ης χιλιετίας π.Χ, όπου δημιουργούνται οι βάσεις για το μινωικό πολιτισμό. Ο Ληθαίος περιβάλλει το λόφο της Φαιστού από ανατολικά και βόρεια, αποτέλεσε την πηγή ύδρευσης της πόλης. Το ήπιο και ζεστό κλίμα της περιοχής έκανε άνετη και ευχάριστη τη ζωή των κατοίκων της. Η κατοίκηση στη Φαιστό αρχίζει από τη νεολιθική περίοδο, όπως φανερώνουν θεμέλια νεολιθικών κατοικιών, εργαλεία, ειδώλια και όστρακα αγγείων που αποκαλύφτηκαν κάτω από το ανάκτορο κατά τις ανασκαφές. Ο νεολιθικός οικισμός πρέπει να απλωνόταν στην κορυφή του λόφου και τη νοτιοδυτική πλαγιά του. Στα μέσα της 3ης χιλιετίας π.Χ., άρχισε η χρήση των μετάλλων γεγονός που ευνοεί την ανάπτυξη της πόλης. Η ανάπτυξη συνεχίζεται μέχρι την ίδρυση και εδραίωση των μινωικών ανακτόρων (15ος αι. π.X.). Στις αρχές της 2ης χιλιετίας η εξουσία περνά στα χέρια βασιλιάδων, οι οποίοι ιδρύουν μεγάλα ανάκτορα. Το πρώτο ανάκτορο χτίστηκε στα 1900 π.Χ. περίπου και μαζί με τα άλλα γύρω κτίσματα είχε έκταση 18.000 τετραγωνικά μέτρα, λίγο μικρότερη από εκείνη του ανακτόρου της Κνωσού. Ο μεγάλος σεισμός που έγινε κοντά στο 1700 π.Χ. ήταν η αιτία της καταστροφής του, όπως και της Κνωσού. Στη θέση του οικοδομήθηκε νέο, επιβλητικότερο, στο οποίο ανήκουν και τα περισσότερα αναστηλωμένα σήμερα λείψανα, ενώ έχουν αποκαλυφτεί και αρκετά τμήματα του πρώτου ανακτόρου, κυρίως στα νοτιοδυτικά. Η μινωική πόλη αναπτύσσεται γύρω από το ανακτορικό κέντρο σε μεγάλη έκταση. Η Φαιστός ήταν η έδρα του άρχοντα-βασιλιά που έλεγχε όχι μόνο τον πλούσιο κάμπο της Μεσαράς αλλά και τους οικισμούς στην ευρύτερη περιοχή, αλλά και την έξοδο προς τη θάλασσα και τα λιμάνια του κόλπου της Μεσαράς. Μετά την καταστροφή του ανακτόρου (15ος αι. π.X.) η πόλη της Φαιστού συνεχίζει να κατοικείται στα μυκηναϊκά χρόνια και στη γεωμετρική εποχή (8ος αι. π.X.).
Στους επόμενους αιώνες η Φαιστός γνωρίζει νέα περίοδο ακμής. Η έκταση της πόλης μεγαλώνει σε σχέση με εκείνη της μινωικής. Πρόκειται για μια πλούσια, δυνατή, πολυάνθρωπη και ανεξάρτητη πόλη. Έκοβε δικά της νομίσματα και κατά την εποχή της ακμής της, η κυριαρχία της απλωνόταν από το ακρωτήριο Λίθινο ως το ακρωτήριο Μέλισσα και περιελάμβανε και τις νησίδες Παξιμάδια με την αρχαία ονομασία Λητώαι. Το κράτος της Φαιστού διέθετε δύο ισχυρά λιμάνια, τα Μάταλα και τον Κομμό στα νοτιοδυτικά. Κατά τα ιστορικά χρόνια κτίζεται ο ναός της Ρέας, στα νότια του παλαιού ανακτόρου. Ένα χρονικό κενό παρατηρείται την κλασική περίοδο, από την οποία δεν έχουν αποκαλυφτεί ακόμη αρχιτεκτονικά λείψανα. Αντίθετα, η ελληνιστική πόλη υπήρξε εξαιρετικά ακμαία. Δείγμα οικιών της εποχής αυτής διακρίνεται στην δυτική αυλή (άνω άνδηρο) του ανακτόρου. Στα μέσα του 2ου αιώνα π.X. (περίπου 160 π.Χ.) η πόλη καταστράφηκε και υποδουλώθηκε από την γειτονική Γόρτυνα. Αν και δεν εγκαταλείφτηκε αμέσως, η θέση της Φαιστού, χάνει πλέον την ισχύ της. Ίχνη κατοίκησης της περιόδου της ενετοκρατίας υπάρχουν διάσπαρτα σε όλη την περιοχή. Το σημερινό χωριό του Αγίου Ιωάννη στις νότιες παρυφές της αρχαίας πόλης αποτελεί το φτωχικό κατάλοιπο ενός ένδοξου παρελθόντος.
Από αρχαιολογική άποψη η Φαιστός είναι η δεύτερη σε σπουδαιότητα μινωική πόλη μετά την Κνωσσό. Ο πρώτος που αναγνώρισε και ταύτισε τη θέση της Φαιστού ήταν ο Άγγλος πλοίαρχος H. Spratt. Το 1884 άρχισαν οι αρχαιολογικές έρευνες από τον F. Halbherr στη Φαιστό και συνεχίστηκαν από την Ιταλική Αρχαιολογική Σχολή (Halbherr and L. Pernier, 1900-1904) και από τον Doro Levi (1950-1971). Παράλληλα με τις ανασκαφές έγιναν στερεωτικές εργασίες από την Ιταλική Αρχαιολογική Σχολή. Ορισμένοι χώροι, κυρίως το παλαιό ανάκτορο και τα βασιλικά δωμάτια του νέου ανακτόρου καλύφτηκαν με πλαστικά στέγαστρα, ενώ άλλοι, όπως οι αποθήκες του νέου ανακτόρου, καλύφτηκαν με πλάκα μπετόν.